Можно ли зачесть переплату по НДС в счет уплаты подоходного налога?

В данном случае можно, но в общем случае НК не позволяет налоговому агенту исполнять обязательство по уплате подоходного налога (за исключением некоторых случаев) и обязательство по уплате налога на доходы за счет собственных средств (подп. 3.1 п. 3 ст. 23, п. 7 ст. 216 НК).

Следовательно, организации и ИП не вправе зачесть переплату по налогам, по которым они являются плательщиками, в счет уплаты подоходного налога и налога на доходы при исполнении ими обязанностей налогового агента. При любых обстоятельствах Вам не запрещено отправить заявление о зачете в ИМНС, в случае отказа Вам пришлют подтверждение портала о приеме документа и мотивированный акт об отказе.