Можно ли оплатить ввозной НДС по счет-фактуре?

Здравствуйте, Арина.
Насколько я знаю российское законодательство, то выписка накладной не зависит от того, является ли поставщик плательщиком НДС или нет. Есть единые требования для оформления реализации: накладная формы 12-торг, счёт-фактура по НДС. В накладной и счёт-фактуре ставка НДС должна быть указана 0% в любом случае.
Полный перечень документов, которые Вы должны предоставить в налоговую для уплаты ввозного НДС, перечислен в п. 8 Протокола от 11.12.2009 г., поэтому одной электронной счёт-фактурой Вы, к сожалению, не отделаетесь. Требуйте у поставщика полный пакет документов.