Здравствуйте, Виктория.
Индивидуальные предприниматели ведут учёт в книгах учёта, а не на счетах бухгалтерского учёта. Если же Вы для себя ведёте учёт в 1С, то:
- Программист посоветовал правильно, комиссия относится на счет 44.1.1.
- Регламентные документы — закрытие месяца. Программа сама закроет 44 счёт на 90, а Вы только проконтролируйте, чтобы на 44 сч. не было сальдо.