Правильно ли происходила уплата налога по УСН?

ИП, УСН без НДС (5%). Оказываю услуги только юрлицам. Занимаюсь разработкой технической документации. С клиентами заключаю договор. Работаю по принципу: 50% предоплата и 50% по факту выполнения работ (в течение 5 рабочих дней с момента подписания акта сдачи-приёмки).

Когда открывал ИП (сентябрь 2013 г.) в налоговой сказали, что уплату налога по УСН должен оплачивать по факту поступления денежных средств на р/с и вести только 1-ый раздел КУДиР.

Всё это время налог УСН платил по принципу 5% от поступивших денежных средств, не принимая в расчёт, что это — предоплата или окончательный расчёт. Т.е. подсчитывал поступившую сумму за отчётный квартал и отсчитывал от неё 5%. Причём были случаи, когда предоплата поступала в октябре 2013 года, а акт закрывался и окончательный расчёт происходил в августе 2014 г. (налог по УСН уплачивался и в октябре 2013 — 5% от суммы аванса и, соответственно, в августе 2014 г. — 5% от суммы окончательного расчёта). И заполнял только 1-ый раздел КУДиР.

1. Правильно ли происходила уплата налога по УСН?
2. Правильно ли то, что заполнялся только 1-ый раздел КУДиР?
3. Если не правильно, то что можно сделать сегодня, чтобы исправить ошибки предыдущих периодов?