Исчисление подоходного налога. Ответственность за неуплату налогов

Организация исчислила в июне 2011 года подоходный налог с натурального дохода учредителя. Так как нет источника выплаты доходов учредителю, то удержать налог невозможно.
Учредитель в июне 2012 года внес в кассу предприятия указанную сумму, и на следующий день налог был оплачен. Есть ли в данном случае факт несвоевременной уплаты налога для исчисления пени организации? Ведь налог был исчислен, но не удержан, а за счет своих средств организация оплатить налог не могла в соответствии с законодательством. Если пеню необходимо было насчитывать, то с кого (организация или учредитель — физическое лицо) и с какого периода?
До получения дохода в натуральном выражении учредитель дал организации беспроцентный займ. После получения дохода организация исчислила сумму подоходного налога и уменьшила сумму возврата займа на сумму налога, однако налог не перечислила. Какая ответственность предусмотрена в данной ситуации?
Спасибо.