ип

Здравствуйте, Марина!
Давать конкретные рекомендации, не видя документов по делу — невозможно.
Могу лишь сказать, что обжаловать есть смысл лишь в том случае, если решение суда и ИМНС Вы полагаете незаконными. Однако, учитывая, что у Вас (на УСН) действительно не было накладных, решение о наложении взыскания, к сожалению, было правомерным, так как при УСН Вы должны иметь документы на абсолютно весь товар.
А сейчас нужно просто работать так, как положено: либо иметь накладные на товар и платить УСН, либо не иметь накладных и платить ЕН по двойной ставке плюс ввозной фиксированный НДС.