Здравствуйте, Ирина!
Действительно, в органах ФСЗН имеется определённая неразбериха в этом вопросе — вероятно, по причине непонимания некоторыми работниками ФСЗН сущности взаимоотношений ИП-управляющего и управляемой организации.
Деятельность ИП-управляющего — это обычная предпринимательская деятельность по оказанию услуг организации (равно как и оказание организации иными ИП услуг по грузоперевозке, услуг по производству рекламной продукции и т.д.).
Организация должна выплачивать ИП только вознаграждение за оказанные услуги по управлению. Более никаких финансовых обязательств перед ИП организация не несёт и не должна уплачивать ни взносы в ФСЗН за ИП, ни исчислять его налоги.
Свои налоги и взносы в ФСЗН за себя ИП-управляющий платит самостоятельно. При этом в данном вопросе не имеет никакого значения, является ли он учредителем организации или нет. Хорошую статью по этому вопросу Вы можете почитать
здесь.
Ваши интересы в суде я представлять не могу, так как этим могут заниматься либо штатные работники Вашей организации, либо лица с лицензией на адвокатскую деятельность.