Уважаемый Дмитрий!
Не совсем понятен Ваш вопрос: что Вы подразумеваете под словами "будет ли учитываться стаж за эти 6 лет"?
Предпринимательская деятельность не является трудовой деятельностью и в трудовую книжку сведения о деятельности ИП не вносятся.
Тем не менее, при устройстве на работу в проектную организацию наличие у Вас реального опыта работы в качестве ИП в данной сфере деятельности будет являться несомненным плюсом для возможного положительного решения вопроса о трудоустройстве.
Следует также отметить, что период, когда Вы являлись ИП и уплачивали взносы в ФСЗН, включается в стаж работы, исчисляемый для назначения трудовой пенсии.