Здравствуйте, Светлана!
Да, заключение с физлицом гражданско-правового договора с определением суммы вознаграждения в процентном соотношении от стоимости работ вполне возможно.
Только не забывайте по факту выполнения работы оформлять к договору с данным физлицом акты (являющиеся неотъемлемой частью договора) с указанием конкретных сумм, подлежащих выплате.
Также в договоре подряда с физлицом важно правильно оговорить предмет договора (чтобы отношения при проверке не были признаны трудовыми).