Уважаемая Алена!
Деньги, полученные от покупателя при выдаче ему сертификата, являются предварительной оплатой (т.е. авансом) за товар.
В соответствии с абз. 2 п. 2 ст. 288 Налогового кодекса Республки Беларусь (далее — НК), выручка от реализации товаров индивидуальными предпринимателями определяется в порядке, установленном статьей 176 НК.
Согласно п. 4.3. ст. 176 НК, денежные средства, поступившие в качестве аванса, задатка, предварительной оплаты, признаются доходами от реализации по мере отгрузки товаров, но не позднее шестидесяти дней с даты их поступления.
То есть Вы выбиваете чек при получении предоплаты от покупателя, выдаете ему сертификат, но в выручку эта сумма включается только после того, как сертификат будет отоварен (но не позднее 60 дней с даты получения денег).
Разумеется, Вам необходимо будет организовать учет выданных и учет отоваренных сертификатов, чтобы не наделать ошибок при заполнении книги учета доходов и расходов при УСН.
Интересную статью по этому поводу можете почитать
здесь (там много лишнего, т.к. она в основном касается юр. лиц, но и для себя Вы найдете в ней полезную информацию).