Здравствуйте, Юлия!
Смотрите договор о предоставлении субсидии, как там сформулировано целевое назначение субсидии. Не видя договор, невозможно сказать, «можно» или «нельзя» за счет субсидии оплачивать разработку сайта. Или приходите на консультацию с договором.
Студенты дневного отделения имеют льготу по госпошлине за регистрацию ИП (госпошлина, в размере 50 000, не уплачивается).