Здравствуйте, Андрей!
Если я правильно поняла, деньги были списаны не сразу, так как на счёте было недостаточно средств?
По моему мнению, ситуация следующая: должностное лицо (главный бухгалтер или иное должностное лицо, ответственное за выплату зарплаты) не виноват, так как сделал всё, что от него требовалось (отправил платёжку в банк вовремя), и наказывать его по ст. 9.19 КоАП не за что. Но вина самой фирмы присутствует, так как фактически работники получили зарплату с просрочкой (т.е. со стороны фирмы нарушение есть), и штраф на фирму по ст. 9.19 КоАП могут наложить.
Но это моё субъективное мнение, поэтому рекомендую обратиться с этим вопросом в
Министерство труда и социальной защиты по месту регистрации
(ссылка откроется в новом окне — прим. ред.).