Здравствуйте, Олег!
Если Вы спрашиваете конкретно про протоколы, которые составляются для осуществления
регистрации ООО, то их должно быть два: протокол собрания учредителей и протокол учредительного собрания.
Храниться они должны у Общества (как правило, у директора).