Работник хочет уволиться после окончания курсов

В декабре 2017 года приняли на работу по контракту слесаря МСР, в феврале возникла необходимость переобучения по другой специальности, и данный сотрудник с его согласия был отправлен на переобучение с отрывом от производства. Соответственно, получал средний заработок за всё время обучения. По окончании курсов он пишет заявление на увольнение по соглашению сторон.

Можно ли с работника удержать суммы, потраченные на выплаты, так как он не работал, но получал среднюю заработную плату? Или мы должны не увольнять его до истечения контракта, чтобы компенсировать понесённые расходы?