Нужно ли производить удержание отпускных при увольнении работника?

Увольняется сотрудник. У него подписан контракт, но он увольняется раньше срока по соглашению сторон.

Отгулял отпуск вперёд. Как теперь при расчетах необходимо поступать? Сумма немаленькая, так как в расчет входит и премия. А окладной части (за минусом аванса) даже не хватает погасить излишне оплаченную сумму. В праве ли вычитывать из премиальный части?

Вычитали, что при расторжении трудового договора по соглашению сторон наниматель не вправе производить удержание отпускных по п. 2, ч. 2, ст. 107 ТК.
Но тут у работника контракт.

Как юридически правильно в этой ситуации поступить, не нарушив законодательства о труде?