Гимназия создана на базе средней школы № 41 г. Витебска, открывшейся в 1990 году. Решением горисполкома от 27.08.2004 № 735 средней школе № 41 Витебска был присвоен статус УО «Государственная Гимназия № 6 г. Витебска».
Гимназия № 6 создана в форме учреждения на основе государственной собственности, финансируемого из местного бюджета. Уполномоченным собственником имущества гимназии № 6 является Витебск.
Полномочия учредителя (собственника) осуществляет Витебский городской исполнительный комитет в лице отдела образования, спорта и туризма Витебского горисполкома. Гимназия №6 является юридическим лицом, имеет печать с изображением Государственного герба Республики Беларусь и наименованием гимназии №6 и штамп установленного образца с наименованием гимназии № 6.
Гимназия №6 непосредственно подчиняется отделу образования, спорта и туризма администрации Железнодорожного района г. Витебска, который осуществляет государственный контроль деятельности гимназии №6.