В задачи центра входит изучение, мониторинг и оценка социально-медицинского, гигиенического и эпидемиологического состояния области, а также разработка и контроль за проведением профилактических, оздоровительных, противоэпидемических мероприятий, направленных на повышение показателей здоровья населения и снижение заболеваемости.
Кроме того, в структуру центра входит и центральная зональная лаборатория, включающая в себя отделение организации испытаний, лабораторию санитарно-химических и токсикологических методов исследований, лабораторию физических факторов, микробиологическую лабораторию, лабораторию диагностики особо опасных инфекций и лабораторию диагностики ВИЧ/СПИД.