Добрый день, Игорь!
Вам следовало адресовать этот вопрос юристу по
трудовому праву.
Что касается налогов и страховых взносов, то если Вы их уплачивали, то вопросов к Вам не будет. Но что касается трудовых отношений, то инспекция по труду может наложить штраф, даже если работник не будет в претензии. Сейчас банки подают сведения в случаях несвоевременного перечисления зарплаты в инспекцию по труду.
Лично я бы в такой ситуации отправила бы работника в отпуск без сохранения заработной платы. В таком случае у организации не возникает обязанность уплачивать налоги и взносы и заработную плату и со стороны контролирующих органов претензии не будет. Ну, в крайнем случае, пусть работает один-два дня в месяц, или переведите её на 1 час работы в день. Налоги и взносы будут в этом случае минимальными.
С уважением, ЧП «ЛюксБаланс»