Добрый день, Наталья!
Затраты ИП отражает отдельно, а НДС отдельно, по аналогии, как ведут учёт организации. работающие по оплате.
Например: купили упаковку. Оплатили её в 3 квартале, а отгрузили в 4-м. В зачёт НДС можете взять в 3 квартале (при условии получения ЭСЧФ), а стоимость упаковки на затраты можете положить только в месяце реализации, то есть в 4-м. Если покупка, оплата и реализация происходит в одном квартале, то и НДС в зачёт и на затраты стоимость упаковки можно взять в том же квартале. Только брать у Вас нечего, так как у вас реализация без НДС. Значит этот вычет у Вас будет считаться неиспользованным и отражаться в 4 разделе налоговой декларации, пока не появится исчисленный НДС, который можно зачесть.
С уважением, «ЛюксБаланс»