Добрый день, Алексей!
Возможно, конечно. И даже целесообразно. Зачем же кормить банки, внося на счёт выручку и перечисляя её работникам, каждый раз уплачивая комиссию банку. Порядок выплаты зарплаты следует отразить в трудовом договоре. Можно написать, например: «Заработная плата выплачивается путём безналичного перечисления на банковский счёт (картсчёт) работника. Либо наличными денежными средствами в кассе индивидуального предпринимателя». Как-то так. Сформулировать более грамотно Вам помогут юристы.
С уважением, «ЛюксБаланс»