Добрый день, Наталья!
Не стоит переживать и ничего не нужно исправлять.
Вы всё делаете правильно. Между вашей организацией и общежитием заключён договор как между юрлицами. Вы оплачиваете содержание общежития по срокам, указанным в договоре. И только после этого у Вас появляется основание на удержание из зарплаты работника. Так что всё правильно Вы делаете.
С уважением, «ЛюксБаланс»