Как вести расчёт налога по отгрузке? 

Добрый вечер, Сергей!

Я бы сказала так, Вы сделали правильный выбор, принимая водителя по договору подряда. Работать по отгрузке Вам скорее всего не выгодно.

По отгрузке: акт написал — налог заплатил. То есть без учёта оплаты. С теперешним состоянием вашего вида деятельности, вряд ли вам делают предоплату. Бывает так, что заказчик и годами не платит, а налог с этой перевозки придётся уплатить Вам.

При ведении учёта по отгрузке можно заполнять сразу часть 1 раздела 1 КУДиР. В хронологическом порядке по каждому акту.

По оплате нужно точно также заполнять пункты 1 или 2 КУДиР, потом итог за месяц одной суммой переносить в часть 1 раздела 1. Не намного сложнее. Зато выручку считать проще. Берёте поступление по банку за месяц и сумму умножает на 5%. Если есть внешне экономическая деятельность, то по оплате также проще определять валютную выручку. Поступившую сумму умножаете на курс валюты в этот день. Есть такие банки, которые сами указывают эквивалент в валюте на этот день, то есть считать не нужно.