Здравствуйте, Дмитрий!
На основании нового контракта необходимо издать приказ об установлении неполного рабочего времени работнику. При этом необходимо ознакомить работника с приказом под роспись. Не забудьте в новом контракте при его заключении предусмотреть для работника конкретный режим труда и отдыха.