Может ли ИП, работающий в одной организации, выполнять функции директора другой организации?

Здравствуйте, Иван!

В соответствии с требованиями гражданского законодательства, по общему правилу, Вы как ИП можете быть руководителем юридического лица — доверительным управляющим (ДУ), с которым учредителем может быть заключён договор доверительного управления имуществом/предприятием. Этот договор вытекает из гражданского законодательства, т.е. взаимоотношения между учредителем организации и ДУ регулируются не трудовым кодексом, а гражданским. При этом этот договор предусматривает вознаграждение ДУ, а не зарплату (т.е. в штатном расписании нет директора и его зарплаты).

Все детали этих отношений Вам целесообразно уточнить у юристов, работающих в сфере гражданского законодательства.