Реорганизация фирмы (А) с выделением новой фирмы (Б). А по разделительному балансу передаёт Б товар по ТН-1 (основание — протокол решения учредителей) с выделением НДС.
При реорганизации с разделением необходимо провести инвентаризацию активов и обязательств, далее по разделительному балансу и передаточному акту передать то, что определено решением учредителей.
Соответственно, нет необходимости и оснований для выписки ТН для передачи товара от одной организации другой. А значит, не нужно и ЭСЧФ выставлять. НДС, как и все активы, передаются по балансу и акту.