Каким образом может осуществляться продажа имущества с уставного фонда?

Что касается продажи имущества, то здесь вопрос не бухгалтерского учета, а ценообразования. При определении цены нужно учесть рыночные цены на данный вид имущества. Необходим договор на реализацию данного имущества, и всё это отразить в бухгалтерском учете. Если же, как Вы говорите в своем вопросе, имущество самортизировано, то остаточной стоимости у него не может быть уже — т.е. на 01 и 02 счете суммы будут одинаковые, их следует закрыть (сделать проводку Д02 К01), доходы от продажи отразить проводкой Д62 К91.